Vapaakirkon lapsi- ja nuorisotyö toteutuu pääasiassa paikallisesti seurakuntien yhteydessä. Seurakunnissa on monenlaisia toimintamuotoja ja -ryhmiä lapsille ja nuorille. Osa on toiminnasta on suoraan seurakunnan alla, osa toimii omana yhdistyksenään, kuten versopartion lippukuntana.

Yhden seurakunnan tekemä nuorisotyö kokonaisuudessaan muodostaa paikallisen nuorisotyön, eli nuortenpiirin. Paikalliset toiminnot kuuluvat jäseninä valtakunnalliseen nuorisoyhdistykseen, Suomen Vapaakirkon Nuoret ry:hyn, joka toimii keskusjärjestönä tukien paikallisesti tehtyä työtä ja toteuttaen valtakunnallisia toimintoja yhteistyössä paikallisseurakuntien kanssa.